总体来讲，在推广实施过程中，食品追溯工作的难点表现在社会信用环境差，食品行业产业化水平总体不高、差异性大，食品流通的组织化程度低。

“所谓流通的组织化程度低，是指管理等方面的制度还不完善，技术手段严重不足，监管缺位现象还相当普遍。还有观念问题，也是一大难点。一些政府主管部门还存在一些错误的看法，不能积极作为，部门之间的信息分享、工作协同程度较低，体制问题还很突出。”刘普合表示。

目前，国内食品安全监控体系存在两大突出问题：

在生产环节，生产企业按照自有标准体系组织生产，相应的生产监管机构按照行业标准或部门标准进行监管；在流通环节，政府监管部门按照部门标准或行业标准，进行检疫或其他监督管理，企业（如集贸市场或超市）也按自定标准进行质量监督控制。不同的环节有不同的标准体系，影响了对食品质量的控制成效。

肉类食品作为食品中的一大类，由于其食品链长于其他食品，因此，安全问题更显突出。中国肉类食品综合研究中心所长王守伟认为，在生产和流通环节中，肉类食品追溯的实现会遇到四大技术难题，主要有：

1.牲畜养殖过程中，受成本制约，需要根据实际情况有区分地实现牲畜个体或圈的追溯；同时，牲畜普遍存在的咬耳现象也会影响到电子耳标的正常工作。

2.由于国人的饮食习惯，屠宰加工中的红白脏的追溯国外没有先例，对其实现追溯也同样是一大难点。

3.生产和流通环节中，追溯信息的载体和载体间信息的转换是一大技术难点。